2. Module Environment¶
Conteúdo
2.1. Introdução¶
O module é usado para facilitar o chaveamento de ambientes de programação. Esta ferramenta permite que o usuário escolha qual(is) ferramenta(s) deseja usar, como por exemplo, versão do compilador, biblioteca matemática, MPI, etc.
2.2. Utilização do Module¶
Comandos basicos do module.
Comando |
Descrição |
|---|---|
module list |
lista os módulos carregados |
module avail |
lista os módulos disponiveis |
module help [modulefile] |
mostra a sintaxe do comando module |
module load modulefile [modulefile …] |
carrega o(s) módulo(s) correspondente(s) |
module unload modulefile [modulefile …] |
descarrega o(s) módulo(s) correspondente(s) |
2.3. Exemplos de Uso do Module¶
Segue abaixo alguns exemplos de como utilizar o comando module. Nenhum módulo é carregado por padrão.
user@service1:~> module list
No Modulefiles Currently Loaded.
O comando abaixo lista os módulos disponiveis. É importante observar que os módulos são separados por grupos. Deve-se ter o cuidado de utiliza-lo de forma correta. Por exemplo, os modulos abaixo do /sw/apps/pgi16/modulefiles devem ser utilizado junto com o compilador PGI. Outro exemplo, uma das implementações do padrão MPI é feita através do mvapich e este por sua vez tem 3 versões diferentes, uma para cada compilador (PGI, Intel e GNU).
user@service1:~> module avail
------------------------------- /usr/share/modules/modulefiles -----------------------------------
mpt/2.13 perfboost perfcatcher
-------------------------------- /sw/apps/pgi16/modulefiles --------------------------------------
hdf5/1.8.10p1/2016 pgi/16.7(default) pnetcdf/1.6.1/mpich-3.2/2016
mvapich/2.1/2016 pgi/2016 pnetcdf/1.6.1/mvapich2-2.1/2016
netcdf/4.3.3.1/2016 pgi64/16.5 pnetcdf/1.6.1/openmpi-1.10.2/2016
openmpi/1.10.2/2016 pgi64/16.7(default) PrgEnv-pgi/16.5
pgi/16.5 pgi64/2016 PrgEnv-pgi/16.7(default)
------------------------------- /sw/apps/suse/intel17/modulefiles --------------------------------
hdf5/1.10.5-i17 nco/4.7.5 phdf5/1.10.5-i17 pio/2.3.0 R/3.5.3
hdf5/1.8.18 ncview/2.1.7 phdf5/1.8.18 pnetcdf/1.8.1 szip/2.1.1
hdf5/1.8.19 netcdf-intel/4.5.0 phdf5/1.8.19 R/3.5.1 udunits/2.2.26
------------------------------- /sw/apps/suse/intel19/modulefiles --------------------------------
cdo/1.9.7.1 netcdf-parallel/4.7.2 phdf5/1.10.5 R/3.6.0
hdf5/1.10.5 netcdf-serial/4.7.0 pnetcdf/1.11.2 szip-i19/2.1.1
netcdf-parallel/4.7.0 netcdf-serial/4.7.2 pnetcdf/1.12.0 wgrib2/2.0.8
--------------------------------- /sw/apps/suse/modulefiles --------------------------------------
mvapich-gnu/2.2 openblas/multi-threaded/0.2.18 openblas/single-threaded/0.2.18 singularity
mvapich-intel/2.2 openblas/multi-threaded/0.2.19 openblas/single-threaded/0.2.19
-------------------------------------- /sw/modulefiles -------------------------------------------
intel/2016.3.210 intel/2016.4.072(default) java/jdk/1.8.0_102 java/jre/1.8.0_102
Nota
Repare os diretórios dos modulefiles. Eles mostram a dependência entre os pacotes. Por exemplo, os modules abaixo do diretório /sw/apps/suse/intel17/modulefiles são os pacotes que foram compilados usando o compilador intel17. O mesmo acontece em outros diretórios. Outro exemplo, o diretório /sw/apps/suse/intel19/modulefiles contém os pacotes compilados com o intel19. Recomenda-se que utilize o mesmo compilador, no caso de dependência de pacotes, para evitar problemas de incompatibilidade.
Aviso
Os modules (incluindo as versões) utilizados para compilar devem ser os mesmos a serem incluidos no script de submissão do job.
2.3.1. Obtendo informações sobre os módulos¶
user@service1:~> module help intel
----------- Module Specific Help for 'intel/2016.4.072' -----------
The Intel module enables the Intel family of compilers (C/C++,
Fortran and MPI) and updates the $PATH, $LD_LIBRARY_PATH,
$INCLUDE, and $MANPATH environment variables to access the
compiler binaries, libraries, include files, and available man
pages, respectively.
See the man pages for icc, icpc, and ifort for detailed information
on available compiler options and command-line syntax.
See the man pages for idb or idbc for more information on using the
Intel debugger.
Version 2016 SP4
user@service1:~> module whatis intel
intel : Name: Intel Compiler
intel : Version: 2016 SP4
intel : Category: compiler, runtime support
intel : Description: Intel Compiler Family (C/C++/Fortran for x86_64)
intel : URL: http://software.intel.com/en-us/articles/intel-compilers/
Carregando, listando e descarregando um módulo.
user@service1:~> module load intel
user@service1:~> module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/2016.4.072
user@service1:~> module unload intel
user@service1:~> module list
No Modulefiles Currently Loaded.
2.3.2. Obtendo informações dos modules para compilação¶
Suponha que necessite do module netcdf-parallel/4.7.2 para compilar o seu programa. Primeiro consulte qual compilador foi usado para compilar a biblioteca em questão.
user1@service1:~> module help netcdf-intel/4.5.0
----------- Module Specific Help for 'netcdf-intel/4.5.0' ---------
Sets up the paths you need to use NetCDF.
NetCDF-C : 4.5.0
NetCDF-CXX : 4.3.0
NetCDF-Fortran: 4.4.4
Compiled with Intel 2017.4.196
A linha em detaque mostra que a versão usada foi o Intel 2017.4.196. Recomenda-se então o uso da mesma versão do compilador ou da mesma familia Intel 2017.x, isto é não deve se deve usar o compilador Intel 2019.x. O comando abaixo deve ser utilizado para compilar e incluido no job para a sua execução.
module load intel/2017.4.196
Ou da mesma familia, por exemplo.
module load intel/2017.8
Nota
Quando o compilador GNU do sistema operacional é usado para compilar um module é omitida a informação sobre a versão utilizada para compilar.
2.3.3. Dependências¶
Ao carregar um module todas as dependências, excluindo o compilador são carregadas.
user1@service1:~> module list
No Modulefiles Currently Loaded.
user1@service1:~> module load netcdf-intel/4.5.0
user1@service1:~> module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) szip/2.1.1 2) hdf5/1.8.19 3) netcdf-intel/4.5.0